﻿Die Europäische Sumpfschildkröte ist in der Europäischen Gemeinschaft durch die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie, Anhang IV geschützt. In Deutschland unterliegt sie damit gemäß § 42, Abs. 2, Nr. 1 und 2 des Bundesnaturschutzgesetzes (BNatSchG) einem Besitz- und Vermarktungsverbot. Tiere, die nachweislich aus legaler Zucht stammen, sind von diesen Verboten ausgenommen. Für sie besteht aber eine Meldepflicht bei den zuständigen Artenschutzbehörden. Darüber hinaus ist es verboten, wildlebende Sumpfschildkröten zu fangen, verletzen oder zu töten und sie in ihrer Fortpflanzung zu stören. Die Art ist zudem auch im Anhang II der FFH-Richtlinie geführt. Die Mitgliedsstaaten müssen damit für die Erhaltung der Art besondere Schutzgebiete ausweisen.
Artenschutzprojekte für die letzten noch einigermaßen intakten Populationen gibt es im deutschsprachigen Raum im Land Brandenburg durch die Naturschutzstation Rhinluch/Linum und im Nationalpark Donau-Auen in der Nähe von Wien. Darüber hinaus gibt es Wiederansiedlungsprojekte in Hessen, Rheinland-Pfalz, Mecklenburg-Vorpommern und in Niedersachsen

